（1）细胞代谢异常与代谢性疾病的发病机制及诊治基础研究
　　 主要研究方向：物质和能量代谢调控机制；代谢重编程；代谢异常的逆转及特异性靶点治疗。
　　 （2）重要心脑血管疾病的发病机制和干预的基础研究
　　 主要研究方向：重要心脑血管疾病的发生、发展及转归的综合研究；心脑血管疾病的危险因素、分子流行病学、遗传学和表观遗传学、分子病理学、临床预警诊断标志物以及干预和治疗策略。
　　 （3）肿瘤发生、发展、转归及肿瘤预防、诊断和治疗新方法的基础研究
　　 主要研究方向：基于肿瘤微环境、生物学特征、分子网络、遗传和表观遗传基础的标志物研究与应用；肿瘤干细胞；肿瘤生物治疗；耐药机制及抗癌新靶点。
　　 （4）重要的医学病原体及其与宿主的相互作用
　　 主要研究方向：重要病原体的生物学特征、遗传变异特点及传播规律；病原体与宿主相互作用机制及跨物种传播机制；新发传染病的快速诊断。
　　 （5）免疫调节与疾病
　　 主要研究方向：免疫调节的细胞与分子机制：免疫调节的网络调控机制；免疫调节的关键节点与干预靶点；抗感染免疫应答的免疫调节机制；自身免疫性疾病的免疫调节异常与发病机制；炎症微环境与免疫调节异常；移植物的免疫排斥与免疫调节；其他重要疾病的免疫调节异常与发病机制；基于免疫调节的诊断与治疗技术；免疫调节与免疫抑制药物。
　　 （6）精神疾病与心理健康
　　主要研究方向：精神分裂症和抑郁症等精神疾病的发病机理；高危人群早期的综合评估与识别；用于精神与心理疾病治疗的新技术和新方案。
　　（7）营养、环境与健康关系的基础研究
　　主要研究方向：膳食和营养的综合研究；食品安全性评估；营养医学；环境污染与健康效应的评价方法；环境—基因交互作用风险模型；重大职业危害的监护、早期效应、易感性标志物和远期临床效应。
　　（8）衰老及相关疾病
　　主要研究方向：衰老的影响因素及病理生理机制；老年脑衰退及相关疾病的发生机理及预防策略；老年性运动系统和免疫系统疾病以及其他老年性疾病的发生机理与预防、诊断及治疗策略。
　　（9）创伤与修复及干细胞、细胞移植与再生医学
　　主要研究方向：创伤损害、预防和转归因素和分子机制；创伤急救与复苏；多器官损伤与功能不全发生机理及防治；疾病或损伤状态下干细胞微环境、遗传学和表观遗传学变化；干细胞移植联合治疗；干细胞定向诱导分化与组织损伤修复；移植物抗宿主反应机制及防治；组织工程；生物医用材料；体外人工支持装置。
　　（10）生殖健康和妇幼保健的基础研究
　　主要研究方向：生殖细胞发生、分化与成熟机制；出生缺陷原因与机理；睾丸和卵巢的旁分泌和旁调节；免疫避孕；计划生育新技术与新方法；出生缺陷基础研究；环境因素（如电磁辐射等）的生殖毒性评价；营养和环境因素影响少儿生长发育的分子机制。
　　（11）基于药物基因组学和系统生物学的药物基础研究
　　主要研究方向：基于药物基因组学和生物信息学的药物靶标的发现、确证、结构、功能、网络与精细调控，相应的先导化合物发现和优化；基于系统生物学和网络药理学的药物研究新概念、新技术、新方法；新型生物技术药物的发现、修饰、表达和优化；药物新型释放系统和靶向传递；生物标志物与个性化治疗药物的基础研究；药效差异及其与个体药物不良反应发生的关系；表观遗传在药物动力学和药效动力学中的作用机制；可量化药物反应的遗传—环境—人体变量的综合数学模型。
　　（12）中医方剂基础研究
　　主要研究方向：方剂组方配伍理论；药性理论；方药生物效应的理论；安全用药的基础理论。
　　（13）口腔颌面重要疾病及其防治的基础研究
　　主要研究方向：牙颅颌生长发育和组织再生；龋病的防治；牙周炎的危险因素及防治；口腔癌前病变的早期诊断和预警；涎腺功能及其功能重建；口腔生物膜及多种微生物协同致病的研究。
　　（14）视/听觉及上呼吸道功能障碍等重要疾病防治的基础研究
　　主要研究方向：常见致盲眼病的病因和防治研究；近视发生机制及防治；人工视觉重建；听觉、嗅觉功能障碍及缺失常见疾病的病因与防治研究；人工听觉的仿生学与听觉重建；上气道功能障碍等耳鼻咽喉重要疾病防治的基础研究。
　　（15）肾脏疾病发病机制与预防的基础研究
　　主要研究方向：肾小球/肾小管—间质疾病发病机制；足细胞结构与功能失常机制；肾脏慢性纤维化的机制；肾脏与其他重要器官（组织）的交互作用；肾病标志物；新的肾病治疗和肾脏保护靶点的发现与机制；肾脏替代治疗的并发症防治。
　　（16）重要器官组织纤维化的机理与防治基础研究
　　主要研究方向：器官纤维化的发生、发展机制以及纤维化逆转的干预治疗策略。包括参与纤维化的实质和间质细胞功能改变的细胞和分子机制、细胞外基质的病理生理学变化以及信号调控网络；新的分子标志物及分子阻遏与逆转靶点等。
　　（17）中医理论与针灸经络基础研究
主要研究方向：藏象理论研究；疾病证候分类原理研究；病因病机与治则治法研究；健康状态中医辨识、四诊客观化及诊疗仪器原理研究；中医优势病种防治机理研究；经络本质基础研究；经穴特异性基础研究；针灸原理基础研究。